退付手續費核對是指退回的個人所得稅企業需要核對，企業代扣代繳個人所得稅，根據個人所得稅法第十七條規定，扣繳義務人可按照所扣繳的稅款退還百分之二的手續費，以往這個業務需要企業財稅人員提交申請表到稅務局現場辦理，但系統升級后可以直接在系統里進行核對，確認無誤提交后，系統自動啟動退稅流程，方便納稅人辦理此項業務，具體操作如下：
1、選擇“實名登錄”或“申報密碼登錄”后，從“查詢統計”功能中查到稅務局聯網數據；
2、點擊“單位申報記錄查詢”，查詢的數據為單位當月的申報記錄，點擊“個人扣繳明細查詢”，查詢的數據為單位為這名員工申報的個人所得稅記錄；
3、之后再點擊頁面的“獲取結報單”獲取結報單和核對清冊；
4、對結報單和核對清冊中的內容核實無誤后，再進行結報單確認，稅務機關將以扣繳義務人確認的結報單作為退付手續費的依據，并啟動退稅流程。
稅務局有明文規定：對扣繳義務人按照所扣繳的稅款，付給2％的手續費，扣繳義務人可將其用于代扣代繳費用開支和獎勵代扣代繳工作做得較好的辦稅人員，但由稅務機關查出，扣繳義務人補扣的個人所得稅稅款，不需要向扣繳義務人支付手續費。
